Набор COrDIS Cattle для мультиплексного анализа 14-ти микросателлитных маркеров крупного рогатого скота

COrDIS Cattle – набор реагентов для молекулярно-генетической характеристики крупного рогатого скота с целью анализа родства и ДНК-индивидуализации животных на основе мультиплексного ПЦР-анализа 14-ти локусов, содержащих короткие тандемные повторы (STR), известные также как микросателлитные локусы.

Из 14-ти анализируемых STR-локусов 11 составляют стандартную панель маркеров, рекомендованную Международным Обществом Генетики Животных (International Society of Animal Genetics - ISAG): ETH3, INRA023, TGLA227, TGLA126, TGLA122, SPS115, ETH225, TGLA53, BM2113, BM1824, ETH10). Кроме того, в набор входят три дополнительных высокополиморфных микросателлитных локуса: CSSM66, ILSTS006 и CSRM60. Все эти локусы представляют собой тандемные динуклеотидные повторы.

Праймеры для ПЦР подобраны с учетом проведения амплификации всех 14-ти локусов в одной пробирке. Размер всех амплифицируемых ПЦР продуктов < 320 пар нуклеотидов (с учетом всех известных аллелей). Анализ результатов ПЦР проводится методом капиллярного электрофореза с использованием автоматических генетических анализаторов с лазериндуцированной флуоресцентной детекцией. В наборе COrDIS Cattle используется пять флуоресцентных красителей, характеризующихся разными длинами волн эмиссии для возможности одновременной детекции в разных каналах флуоресценции. Праймеры мечены четырьмя флуоресцентными красителями детектируемыми в каналах Blue, Green, Yellow, Red. Стандарт длины S450 мечен пятым, флуоресцентным красителем и детектируется в отдельном канале Orange одновременно с продуктами ПЦР.

Для получения полного STR-профиля образца достаточно 0,2 нанограмм недеградиронной ДНК. Оптимальное количество – 0,5 нанограмм.

Реакционная смесь в наборе аликвотирована в реакционных стрипованных пробирках 0,2 мл и поставляется в лиофилизированном виде, благодаря чему реакционные смеси могут храниться при комнатной температуре не менее 18 месяцев без потери чувствительности. Компоненты реакции активируются добавлением определенного объема раствора активатора в каждую пробирку. Общий объем реакции 20 мкл. Максимальный объем вносимого в реакцию раствора ДНК может составлять 16 мкл. Благодаря высокой устойчивости реакционной смеси к действию ингибиторов, большой объем препарата ДНК не препятствует успешной амплификации.

Набор валидирован для проведения ПРЦ в амплификаторах: GeneAmp® 9700, GeneAmp® 2720, MJ Research PTC-100 , BioRAD MyCycler, Biometra TPersonal, Eppendorf Mastercycler. Анализ ПЦР-продуктов может проводится с использованием генетических анализаторов ABI PRISM® 310/3100/3100-Avant/3130/3130XL/3500/3500XL (Applied Biosystems) и Нанофор 05.

Описание микросателлитных маркеров COrDIS Cattle:

Локус Хромосомная локализация Структура единицы повтора
BM1824 D1S34 (GT)n
BM2113 D2S26 (CA)n
CSRM60 D10S5 (AC)n
CSSM66 D14S31 (AC)n
ETH3 D19S2 (GT)nAC(GT)6
ETH10 D5S3 (AC)n
ETH225 D9S2 (TG)4CG(TG)(CA)n
ILSTS006 D7S8 (GT)n
SPS115 D15 (CA)nTA(CA)6
INRA023 D3S10 (AC)n
TGLA53 D16S3 (TG)6CG(TG)4(TA)n
TGLA122 D21S6 (AC)n(AT)n
TGLA126 D20S1 (TG)n
TGLA227 D18S1 (TG)n


Технические характеристики
Количество одновременно анализируемых маркеров – 14;
Список одновременно анализируемых локусов: ETH3, INRA023, TGLA227, TGLA126, TGLA122, SPS115, ETH225, TGLA53, BM2113, BM1824, ETH10, CSSM66, ILSTS006 и CSRM60;
Количество флуоресцентных меток, используемых в наборе – 5;
Оптимальное количество вносимой ДНК: 0,2 – 2 нг
Предел чувствительности: < 100 пг;
Дискриминирующий потенциал набора: менее 1 из 1010