Описание

Флуоресцентные красители могут быть введены на 5'- и/или 3'-конец, а также внутрь олигонуклеотидной цепи.
Красители могут быть введены в олигонуклеотид различными путями:

в виде амидофосфита красителя по протоколу стандартного твердофазного синтеза (в любое положение олигонуклеотида);
используя краситель, присоединенный к подложке CPG (control pore glass) (только на 3'-конец);
проводя пост-синтетическую конденсацию активированного производного красителя с аминолинкером, присоединенным на олигонуклеотид (в любое положение олигонуклеотида).
Как правило, первые два пути характеризуются высокими выходами. Третий путь требует проведения двух очисток, поэтому для него характерны более низкие выходы. Однако именно третий путь синтеза позволяет получать флуоресцентно-меченные олигонуклеотиды, обладающие наименьшей фоновой флуоресценцией, что обеспечивает наибольшую чувствительность метода.